【2026年7月更新】医療費控除の補填計算｜高額療養費改正とe-Tax手順

2025年9月7日

更新:2026年7月22日

執筆者山中忠 (FP1級・証券外務員一種保持)

この記事の最新の更新

最終改良: 2026年7月22日

高額療養費改正法成立後の実務ポイント追加
補填金を治療ごとに結び付ける具体例の整理
e-Taxと未確定給付の確認手順の最新化

医療費控除

高額療養費

補填金額

e-Tax

出産育児一時金

セルフメディケーション税制

年間上限

2026年7月時点でまず押さえたいこと

2026年分の医療費を整理する人にとって、今年の大きな注意点は 医療費控除 の計算式そのものよりも、「あとから戻るお金をどこまで差し引くか」です。入院給付金、高額療養費、出産育児一時金などを正しく反映しないと、控除額を多く見積もったり、逆に少なく申告したりする原因になります。

2026年は高額療養費制度にも動きがあります。厚生労働省は、2026年6月25日更新の案内で、令和8年8月から年単位の上限額である「年間上限」を設ける見直しを説明しています。また、2026年5月29日には医療保険制度改正法が成立しました。医療費控除の対象期間は1月から12月ですが、高額療養費の年間上限は8月から翌年7月までが単位です。この記事では、補填金の考え方、2026年8月以降の高額療養費の見方、e-Taxでの入力順を家庭で使える形に整理します。

申告前にそろえる書類と確認ポイント

1
医療機関や薬局の領収書、医療費通知、通院交通費のメモを支払年ごとに分けておきます。
2
高額療養費、入院給付金、手術給付金、出産育児一時金などの支給決定通知を保管します。
3
補填金は医療費全体から一括で引かず、どの治療や出産費用に対応するかを確認します。
4
医療費通知に載らない年末分、自由診療、交通費、家族分の支払いを別に集計します。
5
マイナポータル連携を使う場合も、領収書や給付通知との重複入力がないか見直します。

高額療養費の見直しは8月診療分からの動きに注意

厚生労働省の(高額療養費制度を利用される皆さまへ)では、 高額療養費制度 について、医療機関や薬局で支払う自己負担が上限額を超えた場合に超過分が支給される仕組みだと説明されています。現行制度では、70歳未満で年収約370万円から約770万円の人が医療費100万円の治療を受けた場合、自己負担は約8.7万円に抑えられる例が示されています。

2026年8月から予定される見直しでは、月額上限の見直しに加え、8月から翌年7月までを1年とする年間上限が設けられます。厚生労働省の(医療保険制度改正法が成立しました)でも、高額療養費の年間上限の新設が制度改革のポイントとして示されています。協会けんぽも、年間上限額は毎年8月から翌年7月までの12か月間の合計を対象と案内しています。医療費控除では、実際に支給された、または支給見込みとなった高額療養費を補填金として差し引くため、最終的には加入している保険者の通知を基準にしましょう。

年間上限ができると医療費控除は増えますか？

年間上限で自己負担が抑えられるなら、医療費控除も増えるのでしょうか？

多くの場合は逆に小さくなる可能性があります。高額療養費として戻る金額が増えれば、その分は医療費控除の計算から差し引くためです。支払額だけで判断せず、保険者からの支給決定通知や還付見込みを確認しましょう。

医療費控除の計算式と補填金額の基本

国税庁の(No.1120 医療費を支払ったとき)では、医療費控除額は「実際に支払った医療費の合計額−保険金などで補てんされる金額−10万円」で計算し、総所得金額等が200万円未満の人は10万円ではなく総所得金額等の5％を差し引くとされています。控除額の上限は200万円です。

ここでいう 補填金額 には、生命保険の入院給付金や手術給付金、健康保険などから支給される高額療養費、家族療養費、出産育児一時金などが含まれます。重要なのは、補填金は「その給付の目的となった医療費」を限度に差し引くことです。入院給付金が入院費を上回っても、余った分を歯科治療や別の外来費に回して差し引く必要はありません。

医療費控除は、支払った金額だけを見る手続きではありません。戻ってくるお金を、どの治療に対応するのかまで結び付けて整理することが大切です。

年またぎや未確定給付は見込額で扱う

入院が12月、保険金の支給決定が翌年2月というように、支払いと給付の時期がずれることは珍しくありません。国税庁の(医療費を補填する保険金等が未確定の場合)では、確定申告書を提出する時までに補填金額が確定していない場合、受け取る保険金等の額を見積もり、その見積額を支払った医療費から控除するとされています。

つまり、未入金だから差し引かなくてよいわけではありません。保険会社や健康保険組合から支給予定額がわかる場合は、見込額で反映します。後日、確定額と見込額が異なることになった場合は、さかのぼって医療費控除額を訂正します。申告時点で使った見込額、通知日、問い合わせ先をメモしておくと、修正申告や更正の請求が必要になったときも落ち着いて対応できます。

よくある給付と控除計算の例

1
入院費30万円に入院給付金20万円が出た場合、入院費から20万円を差し引き、余りを別の医療費へ移しません。
2
手術費20万円に手術給付金20万円が出た場合、その手術費は実質的に控除対象へ残りません。
3
出産費用60万円に出産育児一時金50万円が充てられた場合、原則として残り10万円が医療費控除の検討対象です。
4
高額療養費10万円の支給決定がある場合、対象月や対象者に対応する医療費から10万円を差し引きます。
5
先進医療の技術料40万円に同額の特約給付金が出た場合、その技術料部分は控除余地がありません。

出産費用は一時金と手当金を分ける

出産まわりは名称が似ている制度が多く、医療費控除で迷いやすい分野です。厚生労働省の(出産育児一時金等について)によると、出産育児一時金は公的医療保険の加入者が出産したとき、子ども1人につき原則50万円が支給される制度です。直接支払制度を使うと、保険者から出産施設へ直接支払われ、窓口では費用総額から一時金を差し引いた残額を支払います。

医療費控除では、出産育児一時金は出産費用を補填するお金として差し引きます。一方、産休中の収入減を補う出産手当金は、医療費そのものを補填する目的ではないため、医療費から差し引くものではありません。「一時金は差し引く、手当金は差し引かない」と覚えると整理しやすいでしょう。

保険金が医療費より多いときはどう入力しますか？

入院費15万円に対して入院給付金が25万円出ました。医療費控除ではマイナス10万円にしますか？

マイナスにはしません。差し引けるのは、その給付の目的となった入院費15万円までです。残り10万円をほかの通院費や薬代から引く必要はありません。e-Taxでも、明細ごとに医療費を超えない範囲で補填額を入力する意識が大切です。

e-Taxでは医療費通知、追加領収書、補填額の順で整える

e-Tax で医療費控除を入力する場合、まず医療費通知データやマイナポータル連携で取り込める情報を確認し、次に通知に載っていない領収書分や通院交通費を追加します。そのうえで、明細ごとに対応する補填額を入力します。

医療費通知は便利ですが、年末近くの受診分が反映されていないことや、自由診療、交通費、家族分の整理が必要なことがあります。また、通知データを取り込んだ後に同じ領収書を手入力すると二重計上になります。2026年8月以降に高額療養費の年間上限が関係する人は、保険者からの決定通知や還付予定額を別に確認し、古い感覚で「前年と同じくらい」と見積もらないことが大切です。

医療費控除は領収書を集めるだけでなく、支払いと戻るお金を正しく対応させる作業です。ここを丁寧にすると、家計の見直しにもつながります。

セルフメディケーション税制との選択にも注意

ドラッグストアで対象医薬品を多く購入した年は、 セルフメディケーション税制 も候補になります。国税庁の(No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき)では、通常の医療費控除との選択適用であり、併用はできないと説明されています。また、いずれかを選択した後に、更正の請求や修正申告で選択を変更することはできません。

同制度は2026年12月31日までの期間が示されています。対象医薬品の購入額から12,000円を超える部分、最高88,000円が控除額となる仕組みなので、病院代が少なく市販薬が多い家庭では比較する価値があります。ただし、健康診断、予防接種、勤務先の定期健康診断など一定の取組をその年に行っていることも要件です。

還付申告と訂正の期限を押さえる

医療費控除で所得税の還付を受ける場合、会社員など確定申告義務がない人でも還付申告ができます。国税庁の(No.2030 還付申告)では、還付申告書はその年の翌年1月1日から5年間提出できるとされています。

すでに還付申告をした後、還付される税金を少なく申告していた場合は、原則として還付申告書を提出した日から5年以内に更正の請求ができます。一方、補填金の入れ忘れなどで税額が少なすぎた場合は修正申告が必要になることがあります。税額の判断に迷うときは、税務署や税理士など税務の専門窓口に確認しましょう。

保険者へ確認したい2026年後半の実務ポイント

高額療養費の見直しでは、年間上限の期間が8月から翌年7月までとされている点が実務上のポイントです。医療費控除の対象期間は1月から12月ですが、高額療養費の年間上限は暦年とは異なるため、年末に医療費を集計するときに混乱しやすくなります。

保険者に確認したいのは、年間上限の対象期間、対象者ごとの自己負担額、還付の申請が必要か、決定通知がいつ届くかの4点です。マイナ保険証や限度額適用認定証を使って窓口負担が抑えられていても、医療費控除では最終的な自己負担と補填額の確認が必要です。通知が遅れる場合は、見込額で申告するか、申告時期を少し後ろへずらすかも検討しましょう。

家計と保険の見直しまで一緒に考えるなら

医療費控除は税金の手続きですが、実際には家計管理や保険の見直しともつながっています。入院給付金が十分だったのか、先進医療特約が必要だったのか、高額療養費を踏まえると医療保険を厚くしすぎていないかなど、申告書づくりの過程で見えてくることが多いからです。

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