【2025年9月更新】医療費控除の計算｜保険給付の差し引きとe-Tax順序（個別相談可）

「どこまで差し引けばいいのか」「入力はどの順番か」で毎年つまずきますよね。まずは 医療費控除 の基本式「支払医療費−補填金額−10万円（または総所得200万円未満は5％）」を正しく押さえ、次に“補填金額”に何が入って何が入らないかを線引きしましょう。制度の根拠は国税庁の解説にまとまっています（(No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）)）。 なお、2025年8月からは 高額療養費 の自己負担上限が段階的に見直されます。上限引き上げにより自己負担はやや増え、高額療養費の支給額（=補填金額）は相対的に減る方向です（(高額療養費制度の見直しについて)）。この変化は、結果として医療費控除の対象額が増えやすくなる可能性がある、という意味でも要チェックです。この記事では、生命保険の入院・手術・通院給付金や高額療養費、出産育児一時金の差し引き方、e-Taxの入力順、年またぎ・世帯合算の注意まで、今年の実務に使える形で整理します。

医療費控除額は「（支払医療費の合計− 保険金などで補てんされる金額 ）−10万円（または総所得200万円未満は5％）」で、控除の上限は200万円です。補填金額には、生命保険の入院・手術・通院給付金や健康保険の高額療養費、家族療養費、出産育児一時金などが含まれます。ここで重要なのは「給付の目的となった医療費」にだけ対応させて差し引くという原則です。引き切れない分が出ても他の医療費からは差し引きません（(No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）)）。 また、医療費の集計は“支払った年”基準で行い、未払分は対象外です。家族の医療費をまとめて申告する場合も同様に、各費用ごとに該当する補填金を突き合わせて処理します。

入院給付金・手術給付金・通院給付金などは、給付目的に対応する医療費にだけ突き合わせて差し引きます。支払医療費は“支払年”基準ですが、補填金は申告時点で支給額が確定していれば当年の控除計算に反映します。まだ未確定の場合は見込額を差し引き、後日確定額と差が出たら修正申告または更正の請求で訂正します（(No.1126 医療費控除の対象となる入院費用の具体例)の注意書き）。「確定しているか」が実務の判断軸です。

当たる代表例は、生命保険の給付金（入院・手術・通院）、高額療養費、家族療養費、出産育児一時金です。一方、当たらない代表例は、見舞金、傷病手当金（休業補償が目的）、弔慰金など。出産関係では、出産育児一時金は差し引き対象ですが、出産手当金は差し引き不要です（(No.1124 医療費控除の対象となる出産費用の具体例)）。健康保険組合の付加給付や自治体の医療費助成は給付の目的に応じて差し引き対象となるため、支給決定通知で対象期間・内容を確認しましょう。

入力の段取りはシンプルに。「医療費控除」画面で、まず 医療費通知 を取り込み（または転記）→漏れた分だけ領収書集計を追加、の順で重複を避けます。医療費が多い家庭は「医療費集計フォーム」を使うと一括読み込みができて早いです（フォームへの案内は(No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）)内のリンクから）。 補填金額の入力は、行（医療費の明細）単位で“対応する給付だけ”を記載します。支給決定前でも見込額があるなら明細に反映し、後日確定差は修正申告・更正の請求で調整できます。なお、領収書は提出不要ですが、明細の記載確認があるため、原則5年間の保存が求められます（同ページの手続欄参照）。

給付が未入金でも支給が確定していれば見込額を差し引いて申告し、後日確定差で訂正します。家族の医療費を合算する場合は、各人の費用に対し、その費用に対応する保険金・助成だけを差し引くのがルールです。通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は同年に併用できず、どちらか一方を選びます。特例の適用期間は令和8年12月31日までと示されています（(No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）)）。

二重計上は「医療費通知と領収書の重複」「補填金の行き過ぎ控除」で起きやすいです。通知の年月・医療機関名で重複を除き、補填金は必ず明細行に対応させましょう。高額療養費の見直し（2025年8月以降）で支給額が例年と変わる点も要注意です。還付申告は翌年1月1日から5年間可能で、申告済みでも少なく申告していた場合は“更正の請求”で増額の還付を受けられます（(No.2030 還付申告)）。e-Taxのエラーで「補填金額が医療費を上回っています」と表示されたら、その行の医療費額までに補填入力を抑え、余りを他行へは移さないのが正解です。

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