【2026年4月更新】個人年金保険 確定申告｜e‑Tax入力順と還付対応

申告期限（2026年3月16日）は過ぎましたが、 個人年金保険 の扱いは誤ると損につながります。とくに年金受取は公的年金と税区分が異なり、入力欄や必要書類を間違えがちです。本稿は令和7年分（2025年分）の最新ルールを踏まえ、スマホでも迷わず入力できる段取りをまとめました。受付や操作の全体像は公式の特集が便利です。(令和7年分 確定申告特集)

「期限を過ぎたけど間に合う？」という方も、還付になる場合は翌年1月1日から5年間は提出可能です（いわゆる還付申告）。制度の根拠と具体例は国税庁の解説が分かりやすいです。(No.2030 還付申告)

このガイドでは、e‑Taxの入力導線、年金支払明細の読み方、源泉徴収10.21％や「25万円基準」、必要経費（対応保険料）の扱いまで、実例付きで案内します。Chromeブラウザとマイナンバーカードによる申告や、マイナポータル連携の自動入力もこの申告期は一段と使いやすくなりました。

税区分は受取方法で分かれます。年金で受け取る場合は 雑所得（公的年金等以外）で、その年の受取額から「その受取に対応する保険料（対応保険料）」を差し引いた残額が課税対象です。源泉徴収や計算の基本は国税庁のタックスアンサーが整理しています。(No.1610 保険契約者(保険料の負担者)である本人が支払を受ける個人年金)

一時金で受け取る場合は「一時所得」で、まず「受取総額−払込総額−特別控除50万円」を求め、その金額の1/2を他の所得と合算します。詳細は関連ページをご確認ください。(No.1490 一時所得)／(No.1755 満期保険金等を受け取ったとき)

入力欄はe‑Tax上で分かれています。区分を誤ると住民税や国保の計算にも連鎖するため、最初に正しく選ぶのが近道です。

保険年金の受取では、課税差額（年金受取額−対応保険料）が25万円以上の場合、その差額×10.21％が 源泉徴収 されます。25万円未満なら源泉はかかりません。ただし、源泉の有無は「最終税額の確定」とは別問題で、年の途中の医療費や控除の状況次第で還付になることもあります。制度の枠組みはタックスアンサーNo.1610に明記されています。

源泉が無い年も、「対応保険料」の計上漏れや入力区分の誤りがあると税額が過大になります。年金支払証明書や振込明細の該当欄を必ず確認しましょう。

実際の入力は作成コーナーの流れに沿えばシンプルです。 e‑Tax では、トップから「所得税の確定申告」を開始し、「申告する所得の選択」で「雑所得（業務・その他）」をオンにします。その後、「収入・所得の入力」→「雑所得（業務・その他）」→「入力する」で、種目名に「個人年金」などを記入し、支払金額（年金受取総額）と必要経費（対応保険料）を入力します。

「源泉徴収税額」欄には、年金支払証明書の源泉徴収税額（10.21％の天引き額）を転記します。源泉が無い年は0円で問題ありません。画面上の案内は公式の説明が参考になります。(本人が受け取る個人年金)

また、保険会社が税務署へ提出した「生命保険契約等の年金の支払調書」の情報は、マイナポータル連携で取得され、自動入力されることがあります。取り込み内容は必ず手元資料と照合しましょう。(生命保険契約・損害保険契約の年金のデータの確認について)

申告に使う数字は、保険会社から届く「年金支払証明書（税務申告用）」や「年金振込明細（支払通知）」にまとまっています。主に次の情報を確認します。

・支払金額（その年の受取総額） ・必要経費に相当する「対応保険料」の金額 ・源泉徴収税額（10.21％の有無と金額） ・支払者（保険会社）名・所在地・法人番号等

なお、保険会社は税務署へ「生命保険契約等の年金の支払調書」を提出しています。書式や項目のイメージは公式ページが参考になります。(F1-17 生命保険契約等の年金の支払調書)

対応保険料が書類に見当たらない場合は、コールセンターに問い合わせましょう。ほとんどの会社が金額を案内してくれます。

e‑Taxで申告書を送信した後に、添付書類をPDFで「追加送信」できます。対象書類に限り、書面提出に代えてイメージデータで提出可能です。要件や送信上限は公式解説に沿って進めてください。(所得税の添付書類のイメージデータによる提出について)

PDFで送信した添付書類は原本保存が不要の取扱いがあります（平成30年3月31日以前提出分を除く）。一方、医療費通知など添付省略が認められる第三者作成書類は、確定申告期限から5年間の保存が必要な類型があります。運用を混同せずに整理しましょう。

以下は代表的な数値例です。計算の枠組みは本文リンクのタックスアンサーに準拠します。

・例1（源泉なしの年金受取）：受取総額60万円、対応保険料45万円→雑所得15万円。25万円未満なので源泉徴収なし。e‑Taxでは「雑所得（業務・その他）」で、支払金額60万円・必要経費45万円・源泉徴収税額0円と入力。 ・例2（源泉ありの年金受取）：受取総額120万円、対応保険料90万円→雑所得30万円。源泉徴収は30万円×10.21％＝30,630円が天引き。e‑Taxでは支払金額120万円・必要経費90万円・源泉徴収税額30,630円を転記。扶養・医療費等と合算して最終税額を精算。 ・例3（一時金受取）：受取300万円・払込総額260万円→（300−260−50）×1/2＝−10万円相当→0円（課税なし）。別の一時所得がある場合は合算して再計算。 ・例4（年途中開始・複数社）：1社目：6〜12月で受取30万円・対応保険料22万円、2社目：通年で受取20万円・対応保険料15万円→各社ごとに雑所得（8万円＋5万円＝13万円）を計算し、合計額を申告。源泉があれば社ごとに合算して転記。

・区分の取り違え：保険年金の年金受取は公的年金ではなく「公的年金等以外の雑所得」。e‑Taxでも入力欄が別です。 ・対応保険料の計上漏れ：対応保険料を差し引かないと税額が増えます。証明書の該当欄を必ず確認し、金額が不明なら保険会社へ照会を。 ・源泉の有無と申告要否：10.21％の源泉は仮の天引き。控除次第で還付になるため、源泉があっても申告を省かないのが基本です。 ・電子添付と保存の混同：PDF追加送信の原本保存不要の取扱いと、添付省略書類の5年保存ルールを区別し、公式手順に沿って管理しましょう。

還付はe‑Taxなら処理が比較的早く、例年数週間で入金されるケースが目立ちます（混雑状況で前後）。雑所得として確定した金額は住民税や国民健康保険料の算定に使われるため、年金受取を開始した年は住民税の納付方法（普通徴収・特別徴収）や減免制度の有無を自治体で確認しておくと安心です。

翌年に向けては、受取方式（年金/一時金）の見直し、生命保険料控除の最適化、医療費控除のレシート管理を早めに始めましょう。法令・運用は国税庁の特集ページを時々確認すると迷いません。

個人年金の申告は、ほかの所得や控除と組み合わせて最適化するのがコツです。数字の検算や区分の確認は第三者に一度チェックしてもらうと確実です。弊社「ほけんのAI」では、AIでの一次相談と有資格FPのオンライン面談を無料で提供しています。源泉10.21％の精算、対応保険料の妥当性確認、翌年の受取方式の見直しまで横断で伴走します。選べるギフトがあるキャンペーンも実施中。予約はLINEで完結します。