【2025年9月更新】医療法人理事長 退職金の新ルール：手取り最大化の段取り（個別相談可）

医療法人理事長の退職金は、2025年度の税制・制度の更新により、実務で押さえるべき論点が増えています。特に「退職金の妥当額の根拠づけ」「源泉徴収票の提出範囲拡大」「保険の損金計上ルールの現行適用」を見落とすと、想定外の課税やキャッシュ不足につながります。本稿では、公的資料に沿って最新の要点と失敗しない設計手順を整理し、手取り最大化に近づく現実的な段取りをまとめます。リンクはすべて一次資料を確認済みです。

退職金の算定に広く用いられる功績倍率は、法律が倍率を定めるものではありません。国税庁の法令解釈通達は「いわゆる功績倍率法」で支給した退職給与は業績連動給与に該当しないため、過大支給なら損金不算入の対象になり得ると示しています（9−2−27の3）。一般に代表者で3.0程度が目安とされる裁判例・実務がある一方、最終月額報酬・在任年数・同業類似の水準等の総合証拠が重要です。根拠資料（退職金規程、議事録、給与台帳）をセットで整え、否認リスクを下げましょう。(第7款 退職給与)

2025年度税制改正の大綱では、退職関連で実務影響のある更新が複数あります。具体的には、老齢一時金との勤続期間重複の排除（退職所得控除の重複防止）と申告書の10年保存への見直し、そして退職手当の支払に伴う退職所得の源泉徴収票の提出対象の拡大（役員に限らず全受給者へ）が明記されています。適用は2026年1月1日以後提出分です。提出・保存体制を前倒しで整えておくと安心です。(令和7年度税制改正の大綱)

診療報酬は2024年度改定で本体＋0.88％、薬価等▲約1.00％の結果、ネットで▲0.12％のマイナスという評価が共有されています。収益力の前提は保守的に置き、退職金原資を保険だけに頼らず、内部留保・分割受取・在任調整を組み合わせて耐性を上げましょう。改定資料と通年運用の変更点は厚労省のページで確認できます。(令和6年度診療報酬改定について) （ネット改定率の解説例：(2024年度診療報酬改定、本体0.88％)）

退職金原資に使われる逓増定期保険などの損金・資産計上は、2019年の法人税基本通達改正後のルールが現行です。最高解約返戻率に応じて資産計上割合と期間が変わり、50％超70％以下では保険期間の40％相当期間まで保険料の40％を資産計上（残り60％損金）、70％超85％以下では同60％を資産計上、85％超ではピーク返戻率に応じた比率で資産計上します。設計段階で損金前提を誤ると、出口の課税・キャッシュが崩れます。(定期保険・第三分野保険の取扱い（2019改正）)

よくある誤算は、返戻ピーク前の退任で返戻率が想定より落ちる、最終役員報酬を直前に引き下げて退職金の妥当額が下がる、名義変更の遅れで贈与課税が発生する、などです。立て直しは、保険の減額・分割や退任時期の調整、規程と議事録の整備、分掌変更の妥当性の確認を同時に進めます。特に「低額役員報酬化」は退職金限度にも響くため注意が必要です。裁判例・通達の筋を外さないことが最優先です。

医療機関の収益環境は、コロナ前より厳しいという認識が広がっています。公的調査でも、一般病院の赤字比率が高止まりする傾向が指摘されており、退職金原資を保険一本で賄う前提は危うくなりがちです。自院の損益・キャッシュフローの変動幅を、退職時期の選択肢と合わせて表で可視化しておきましょう。(第24回 医療経済実態調査の報告)（参考：「医療機関を取り巻く状況について」資料も有用）

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